허준박물관은 우리나라의 대표 의학자인 허준 선생의 학문적 업적과 생애를 널리 기리고자 허준 선생이 태어나시고 돌아가신 곳인 서울 강서구에 2005년 설립되었다. 허준 선생은 조선 중기의 대표적인 의원으로 그의 뛰어난 의술로 인하여 명의로 이름을 떨쳤다. 허준 선생의 대표 저서인 『동의보감』을 저술하여 한의학의 체계를 세웠으며, 『동의보감』은 단독 의서로서 최초로 유네스코 세계기록유산으로 등재되었고, 뒤이어 국보 제319호로 지정되었다.
허준박물관에서는 허준 선생의 각종 저서를 비롯한 한의서, 내의원과 한의원, 의약기 등을 볼 수 있다. 또한 약재를 싸 보고 나의 건강 상태를 알아보는 등의 다양한 체험도 할 수 있다. 『동의보감』 속 약초 120여 종을 심어 놓은 약초원은 훌륭한 자연체험학습장 역할을 하고 있으며, 옥상정원은 서울시 전망 좋은 곳 중의 하나로 선정되었다.