고남패총박물관은 신석기시대를 대표하는 패총의 역사를 한눈에 볼 수 있는 박물관이다. 멀리 서해 갯벌이 내려다보이는 태안군 고남면 고남리에 자리 잡고 있다. 패총은 석기시대 사람들이 먹고 버린 조개껍데기가 쌓여 만들어진 유적으로 그 시대의 생활상을 엿볼 수 있는 중요한 곳이다. 이 박물관에는 패총에서 발견된 신석기시대의 빗살무늬토기, 청동기시대의 민무늬토기와 석기 등 선사시대 유물 470여 점이 전시되어 있으며, 디오라마를 통하여 더욱 실감 나게 보여준다. 그 외 원삼국시대에서 고려시대까지 유물 22점을 전시한 역사실과 태안군의 문화재를 사진과 영상으로 소개한 영상실이 있다. 체험학습실에서는 패총과 연계하여 다양한 상설 체험학습을 진행하고 있으며, 영상물 상영을 통해 패총에 대한 이해를 돕고 있다.