1930년 12월 간이역으로 영업을 개시하여 1948년 5월 보통역으로 승격되었으며, 1950년 여순 반란 사건으로 역은 소실되어 1956년 7월 신축되었다. 한국전쟁과 1.4후퇴 당시 인민군이 장악하여 치열한 전투가 벌어졌던 역사의 현장이기도 하다. 현재는 폐역이 되었다.
남평역은 역무실 돌출 부분의 지붕이 맞배가 아니라 모임지붕을 하고 있다는 점에서 상당히 이례적인 형태이다. 대합실 위의 박공지붕과 건물의 장방향과 교차되는 박공, 역무실 앞부분의 돌출 공간을 덧씌우고 있는 지붕, 그리고 대합실 앞의 기다란 차양 지붕이 건물 형태를 뚜렷이 유지하고 있어 국가등록문화재 제299호로 지정되었다.
나주 남평역은 폐역이긴 하지만 무정차 역으로 현재 이용되고 있는 선로는 철조망으로 차단되어 있지만, 별도에 조성된 선로는 자유롭게 이용이 가능하다.
직선거리 약 500m에 나주 남평은행나무길이 있고, 카페 GGT POT이 있다.