아프리카 박물관은 1998년 11월 서울 대학로에 아프리카란 우리에겐 다소 생소한 문화를 토대로 한 박물관을 개관하였으며, 2004년 12월 새로운 문화적 도약을 위해 제주도 서귀포시 중문관광단지 국제컨벤션센터 동쪽에 박물관 건물을 신축하고 이전하였다.
서귀포시 중문관광단지에 새롭게 선보인 아프리카 박물관의 건물은 서아프리카 말리의 젠네에 위치하고 있는 이슬람 대사원을 토대로 설계하였다. 젠네 대사원은 흙으로 지어진 건물 중 세계 최대 규모이며, 국제 문화 협력 교류기관인 유네스코는 전 인류가 함께 보존 해야할 세계문화 유산으로 지정하고 있다. 신축된 아프리카 박물관은 아프리카 대륙 문화의 정통성을 훼손하지 않고 보다 다양한 시각으로 소개하고자 하는 본 박물관의 의지를 표방하고 있다.